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重庆医科大学学生会是在校党委领导和校团委指导下的全校学生的群众性组织，由校学生会（下设8个部门）和13个院系学生会组成。学生会的基本任务是遵循和贯彻党的教育方针和各项政策；充分发挥学校联系广大同学的桥梁和纽带作用；积极参与学校的民主管理；倡导和组织自我服务、自我管理、自我教育；引导广大同学积极投身于社会实践活动，；在各项活动中进行共产主义、爱国主义和集体主义教育；促进全体同学之间、同学和教职工之间的团结；加强学生会自身组织建设；指导各学生分会的工作；加强与全国、市学联、各兄弟院校学生会及其他群众性组织的联系与交流，增进相互间的友谊与合作。近年来，校学生会连续开展了“三个代表”重要思想学习座谈、大规模干部培训、中央16号文件精神学习实践、主持人大赛、歌手赛、三人篮球赛、新生篮球赛、趣味运动会、旧货交易以及50周年校庆系列活动，为服务党政中心工作、服务全校学生作出了积极的贡献。校学生会自2004年起，已连续2年荣获重庆市优秀学生会荣誉称号。并于2007年荣获2006-2007学年重庆市十佳学生会称号。
重庆医科大学学生会组织系统
校学生会
（下设办公室、文娱部、学习部、生劳部、体育部、女生部、宣传部、外联部）
 卫生学校学生会 |
 临床学院学生会 |
| 基础医学院学生会 |
儿科学院学生会 |
| 第二临床学院学生会 |
药学院学生会 |
| 公共卫生学院学生会 |
口腔医学院学生会 |
| 管理学院学生会 |
综合学办学生会 |
| 医学检验系学生会 |
中医药学院学生会 |
| 应用技术学院学生会 |
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