我校研究生教育起步于1979年，是全国最早开始研究生教育的单位之一。1979年开始招收硕士研究生，1981年开始招收博士研究生，我校培养了西南地区第一个博士研究生。经过近三十年的研究生教育发展，我校已经发展成为具备完整的“学士－硕士－博士－博士后”人才培养体系，拥有国家级重点学科3个（内科学(传染病)、儿科学、临床检验诊断学）；省级重点学科29个；一级学科博士学位授权点2个，二级学科博士学位授权点26个，博士导师185名，一级学科硕士学位授权点6个，二级学科硕士学位授权点53个。研究生招收培养层次多样，能够招收和培养学历教育和学位教育两大类型研究生，为全国首批临床医学博士、硕士专业学位培养试点单位。每年招收各种类型研究生千余名，现有在校研究生2309人。2006年首批招收15名外国留学研究生。
1、学科建设成绩突出
        （1）学位授权点建设。目前学校拥有一级学科博士点2个，二级学科博士点26个，一级学科硕士点6个，二级学科硕士点53个。学科门类由原来单一的医学扩展到医学、法学、工学、理学、管理学五大学科门类，已形成了学科门类较全、覆盖面宽、层次较高的研究生学位授权学科体系。
       （2）国家级重点学科。1996年前学校仅有内科学（传染病）为国家级重点学科。2002年，学校获准内科学（传染病）、儿科学、临床检验诊断学3个国家级重点学科，使学校国家级重点学科数量位居全国医科院校（包括综合性大学）第9位。
       （3）省部级重点学科。目前学校拥有临床医学等2个一级学科和人体解剖与组织胚胎学等8个二级学科市级重点学科，2个学科被评为市级重点建设的学科，按二级学科计算共获29个市级重点学科。
       （4）加强人文社科基地建设。为了适应医学模式转变的需要，以利于加强对医学生的人文素质及职业道德教育，为重庆市的经济发展和社会建设提供智力资源，学校把“医学与社会发展研究中心”建设与学科建设联系起来，2006年获得重庆市“医学与社会发展”人文社科重点研究基地，促进了我校人文社会科学的发展。
       （5）加强学科建设内涵、调整学科布局及资源配置。为提高学校核心竞争力，加快学校发展，学校确立了以“深化改革、加快发展、扬优扶新、强化特色、注重质量、创建一流”的学科建设指导思想。明确提出要抓住西部大开发的历史机遇，立足重庆，面向西南，突出特色，以重点学科建设为龙头，以人才队伍建设为重点，大力发展基础学科，着力加强特色、优势学科，巩固提高临床学科，注重学科群的建设和学科间的交叉融合，建成一批适应社会需求的新兴学科、交叉学科和边缘学科。全面提高各学科的发展实力和水平，从人才培养、科学研究、社会服务三方面，提高学校的办学实力和水平。
        2005年，对学校51个硕士点进行了全面的学科评估，制定了学校“十一五”学科建设发展规划，同时接受了重庆市对学校省级重点学科的中期检查。
        2006年，学校针对基础医学院个别教研室的设置不适应学科发展的需要，决定按照国家学科、专业目录要求设置教研室，将药理学和化学教研室从基础医学院划分出来，与药学系合并成立药学院；撤消基础医学院微生物学、寄生虫学教研室以及检验系免疫学、临床微生物学教研室，新组建病原生物学、免疫学教研室；同时，将核医学教研室更名为放射医学教研室。
2、招生规模不断扩大，培养类型日趋丰富
        （1）招生规模大幅度增加。随着国家积极发展研究生教育政策的实行，同全国其它高校一样，学校研究生教育在近几年得到了快速发展。
        学校2006年硕士研究生招生723名，博士研究生116名，在校全日制研究生达到2333人。与1996年相比，硕士生年招生人数增加了10倍，博士生年招生人数增长了4倍，在校全日制研究生增长了8.3倍。此外，非全日制在读研究生共450余人（含在职医师申请医学博士专业学位人员、研究生以同等学力申请硕士学位人员、高等学校教师在职攻读硕士学位人员）。为进一步扩大学校在国外的影响，2006年首次在马来西亚、印度尼西亚、印度、尼泊尔等国家招收留学硕士研究生15名。
       （2）丰富和完善学位和研究生教育类型。近年来，为了适应社会和医疗卫生事业对高层次应用型、复合型人才的需求，多渠道培养医学高层次人才，学校积极开展专业学位研究生教育，形成了研究生培养类型由单一的科学学位发展为科学学位和专业学位共同发展的局面。1998年学校获准开展临床医学专业博士、硕士学位培养工作。2003年，为提高高等学校教师队伍的学历层次，教育部推出了高校教师在职攻读硕士学位的新举措，经过积极争取，学校获准在博士点的7个专业招收高校教师在职攻读硕士学位，已招生三届，共138人。2004年，获准开展口腔临床医学硕士学位培养工作。2006年国家批准学校在获博士点的15个学科专业招收高校教师攻读硕士学位，计划招生180名，进一步扩大了招生的学科专业和招生人数。此外学校还举办各种类型研究生课程进修班，不断拓宽研究生的教育类型。大力发展在职非全日制研究生教育，积极开展同等学力申请硕士和博士学位工作，实现研究生教育形式的多样化、有助于在职人员在更新原有知识结构的基础上，进一步提高专业水准，也为更多具有学习潜力的在职人员提供了接受高水平教育的机会。
        通过这些不同的招生渠道和学位培养类型，学校为改善西部医疗卫生事业领域高层次人才比例偏低、医师学历结构不合理的状况，为提高西部地区高等医学院校教师队伍的整体素质，为西部地区建设培养、输送骨干力量作出了应有的贡献。
3、深化教育教学改革，努力提高培养质量
        （1）修订研究生培养方案。1998年，根据国务院学位委员会规定，学校对10个博士点、35个硕士点的研究生专业培养方案进行修订，为实现宽口径培养研究生奠定了基础。2002年，修订《重庆医科大学攻读医学科学学位研究生培养方案》，将其作为科研型研究生培养工作的指导性文件。2005年，为适应医学发展和研究生教育的新形势，学校再次组织修订《硕士研究生培养方案》。同时，根据培养方案的变化，对研究生基础课程和专业课程的教学大纲进行修订，以保证课程教学的质量。
        （2）加强研究生课程建设，完善研究生课程体系。学校始终把课程建设作为提高研究生培养质量的大事来抓。根据博士生和硕士生的培养目标及要求，采取“必修、选修、讲座”的方式，对课程进行不断调整和更新，部分讲座在不断完善的基础上，逐步升格为选修课；增设人文艺术类课程如《医学与文化》、《中西方美术比较》、《中国山水画意境与人文精神》等课程；整合更新部分课程，如将原有的《核酸生化与分子生物学》、《蛋白质、酶、糖蛋白》和《生化实验技术》三门课程整合更新为《核酸分子生物学》和《蛋白质分子生物学》两门课程。
        2005年，为配合硕士研究生课程学习时间的调整，学校再次对20余门课程进行了整合，增加学术讲座。通过新建、整合和更新课程教学内容等多种方式，使研究生课程的数量和质量都发生了明显变化，课程体系不断完善。
        为改善研究生实验课时减少的状况，经过深入调研，学校对实验课时较多，经费投入严重不足的课程加大投入，保证实验课程的开设，部分课程在原有实验的基础上增加新的实验内容，有效地加强了培养研究生动手能力的实践环节。在课程整合和新建中，课程内容体现了创新性、前沿性，其目的是培养研究生自主学习的能力，增强实际工作能力，拓宽视野，培养创新精神。在课程整合中删去了部分陈旧、重叠的内容，为研究生的学习提供了更多的空间和时间。
         （3）完善研究生培养方案。为培养研究生自主学习和研究能力，1996年学校调整研究生课程学习时间，博士生由一年改为半年，硕士生由一年半改为一年，以留出更充足的科学研究和学位论文时间。2000年开始在科研型硕士研究生中试行学分制。2002年在博士研究生中全面推行学分制。
        2005年，将硕士研究生的基础课程学习时间调整为一学期，并将原来30学时/1学分调整为18学时/1学分。学生基础课程规定的学分要求由原来的8—16学分调整为6—10学分。基础课程调整的目的是注重学生个性化和创新能力的培养，注重学生教学、临床、科研能力的培养。
        在2005年基础课程调整的基础上， 2006年对新入学的研究生提出了增加讲座的要求，讲座规定为4学分，在三年修学期间完成，讲座内容主要体现科学研究的前沿、创新内容，克服了课堂授课内容老化的弊端，这将为研究生的培养提供更广阔的知识空间。学分制的实施增强了研究生学习的自主性，有利于进一步发掘其学习潜力和特长，发挥学习的主动性和创造性，增加科研和实践环节的培养，有助于提高培养质量，也符合目前国内研究生教育的趋势。
4、健全质量保障措施，加强管理制度建设
       （1）导师队伍不断壮大。为适应学校学科建设发展和研究生教育规模扩大的需要，学校注重加强研究生导师队伍的建设。1995年，学校获得博士生导师自审权并进行首次博士生导师资格审批，批准了周雅德等8位教授为学校自行审批的博士生导师。目前，学校共有博士生导师185人，其中45岁以下占29％，有出国留学经历的占46％，具有博士学位的占35％，具有硕士学位的占63％，博士生导师队伍日趋年轻化，高学历化。
        为提高硕士导师队伍的整体素质和水平，不断完善硕士研究生指导教师选聘办法，学校制定了切实可行且具有较高要求的指导教师遴选办法，遴选标准对导师的学历层次、科研能力提出了较高要求，从而使一大批具有高学历、高水平、高素质的教学、科研、医疗优秀中青年骨干及时补充到指导教师队伍中来，充实和壮大了研究生导师队伍的力量，为进一步扩大研究生招生规模、保证和提高研究生培养质量奠定了一个坚实的基础。截至2005年12月，具有硕士以上学历的指导教师占导师总数的60％，新增硕士导师具有硕士以上学历者基本达到100％，硕士研究生指导教师达501人。
        为保障研究生教育的规范进行，建立了行之有效的指导教师岗位和岗前培训制度，严把导师上岗关，使导师们更加了解对研究生培养过程中的各阶段要求。
        （2）努力改善研究生学缘结构和生源质量。学校加大宣传力度出台相关优惠政策，采取有效措施，积极创造良好的育人环境，优先配置高水平的学科专业的招生资源。吸引校外重点院校本科毕业的优秀生源到学校就读，扩大学校在全国的影响，改变了学校过去生源绝大多数集中分布在西部院校和一般院校的现象，改变了学校招收校外优秀生源过少的状况。目前学校接收了来自全国各重点院校的生源共105人。通过吸引优秀生源，改善了学缘结构，减少了近亲繁殖现象，使生源结构更趋合理。
        对同等学力考生在外语水平和科研能力方面提出了较高要求，同等学力考生逐年减少。2006招生博士研究生报考生源中具有研究生学历达100％，招生硕士研究生报考生源中具有本科以上学历者达90％。
针对基础医学各专业和临床部分艰苦专业生源匮乏的现象，采用调控手段，使这些专业的生源数量普遍提高，调剂前后生源比率平均提高60％，个别专业高达200％。
         （3）提高研究生学位论文质量。从2001级博士生开始，执行《重庆医科大学优秀博士学位论文科研经费资助试行办法》，对部分有创新苗头的博士学位论文写作予以资助，对受资助者提出了严格的要求，并对论文进展进行跟踪了解。2005年学校加大对“优秀博士学位论文科研经费资助”的力度，单项资助由2万元提高到5万元，从扶持基础学科博士点的角度出发，学校重点向“病原生物学”和“药理学”博士点倾斜，其目的是以点带面，推动学校基础学科的建设。
为提高博士生的外文写作水平，提高外文实际应用能力，学校制定了《重庆医科大学博士研究生应用外文撰写论文的暂行规定》。
        此外学校还出台了论文工作报告制度、严格论文答辩程序，实行博士论文预答辩、自评学位论文、学位论文评阅评议定量评审与自评学位论文相结合的制度，对博士生在学期间发表论文的数量和质量也提出了明确的要求。为激励研究生作出高质量的学位论文，学校制定了《重庆医科大学评选优秀博士、硕士学位论文暂行办法》，并从2002年毕业研究生中开始组织评选 ，对评选出来的优秀学位论文给予奖励。从2005年起，学校所有研究生的学位论文统一由学校图书馆制作，严把学位论文质量关。
       为提高博士学位论文评审的客观公正性，学校从2005年开始实行博士学位论文送校外两位专家进行双盲评阅，此项工作的开展对学位论文的客观评价起到了良好的效应。2006年选送盲评的学校由2005年的3所增加至8所，这些学校为：首都医科大学、中国医科大学、复旦大学、华中科技大学、中南大学、第四军医大学、四川大学、第三军医大学，两年盲评通过率为98％。经过以上措施，近年来，从博士生自评学位论文、博士学位论文评阅评议定量评审以及不同年级论文评审结果的比较分析来看，单份论文评审和论文分项评审≥90分的比例大幅度增加，表明随着学校教学科研条件的改善和导师队伍壮大，博士生培养能力逐年增强，博士学位论文质量逐年提高。

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